DR. ÖĞR. ÜYESİ EVREN DORUK ENGİN    
Adı : EVREN DORUK
Soyadı : ENGİN
E-posta : edoruk@gmail.com, edengin@ankara.edu.tr
Tel : 3122225826-200
Ünvan : DR. ÖĞR. ÜYESİ
Birim : BİYOTEKNOLOJİ ENSTİTÜSÜ
Bölüm : BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI
ABS Adresi:https://abs.ankara.edu.tr/evren-doruk-engin
Kişisel Akademik Bilgiler
Öğrenim:

İlk ve Orta Öğrenim:

TED Ankara Koleji

1980 – 1992

Yüksek Öğrenim:

Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi

1992 – 1997

Tıpta Uzmanlık Eğitimi:

Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi
Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı. (Helicobacter pylori’de metronidazol direnci ve virülans faktörleri ile ilişkisi)

1998 – 2003

Doktora:

Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi
Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı (Antibiyotik etki mekanizmalarında “quorum sensing”in rolü)

2003 - 2008

ORCID: https://orcid.org/0000-0001-9209-8858



Akademik görevleri

Tarihler

Görevi

Kurum

1998 – 2003

Araştırma Görevlisi

Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD.

2004 – 2007

Öğretim Görevlisi

Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD.

2007 – 2009

Yardımcı Doçent

Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD.

2009 –

Yardımcı Doçent

Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü



Üye olduğu dernekler:

Ankara Mikrobiyoloji Derneği, 1998 -

American Society for Microbiology 2007 -




SCI, SCI-expanded, SSCI tarafından taranan bilimsel dergilerde yapılan yayınlar

1

Anlar B, Pinar A, Yasar Anlar F, Engin D, Ustacelebi S, Kocagoz T, Us D, Akduman D, Yalaz K. Viral studies in the cerebrospinal fluid in subacute sclerosing panencephalitis. J Infect. 2002 Apr;44(3):176-80

2

Anlar B, Ayhan A, Hotta H, Itoh M, Engin D, Barun S, Koseoglu O. Measles virus RNA in tonsils of asymptomatic children. J Paediatr Child Health. 2002 Aug;38(4):424-5.

3

Yalcin E, Ozcelik U, Engin D, Dogru D, Kiper N, Hascelik G. Does Helicobacter pylori cause bronchiectasis? Acta Paediatr. 2002;91(12):1403.

4

Saltik IN, Demir H, Engin D, Ertunc OD, Akyon Y, Kocak N. The cagA status of Helicobacter pylori isolates from dyspeptic children in Turkey. FEMS Immunol Med Microbiol. 2003 May 25;36(3):147-9

5

Aksoy DY, Aybar M, Ozaslan E, Kav T, Engin D, Ercis S, Altinok G, Hascelik G, Uzunalimoglu B, Arslan S. Evaluation of the Helicobacter pylori stool antigen test (HpSA) for the detection of Helicobacter pylori infection and comparison with other methods. Hepato-gastroenterology. 2003 Jul-Aug;50(52):1047-9

6

Unaldi, O; Engin, D; Cirak, MY. Comparison of agar screening plates and double disk synergy method in detection of extended-spectrum beta-lactamase production. Mikrobiyol Bul 2007: 41; 369-376.

7

Kurukahvecioglu O, Koksa H, Gulbahar O, Erdem O, Engin D, Yazicioglu O, Kerem M, Taneri F. Infliximab "TNF-alpha antagonist" decreases intraabdominal adhesions. Saudi Med J 2007: 28(12); 1830-1835.

8

Iriz E, Cirak MY, Engin ED, Zor MH, Erer D, Imren Y, Turet S, Halit V. Effects of atypical pneumonia agents on progression of atherosclerosis and acute coronary syndrome. Acta Cardiol 2007: 62(6); 593-598.

9

Cindoruk M, Cirak MY, Unal S, Karakan T, Erkan G, Engin D, Dumlu S, Turet S. Identification of Helicobacter species by 16S rDNA PCR and sequence analysis in human liver samples from patients with various etiologies of benign liver diseases. Eur J Gastroenterol Hepatol 2008: 20(1); 33-36.

10

Iriz E, Cirak MY, Engin ED, Zor MH, Erer D, Ozdogan ME, Turet S, Yener A. Detection of Helicobacter pylori DNA in aortic and left internal mammary artery biopsies. Texas Hearth Inst J 2008: 35(2); 130-135.

11

Ozdemir E, Karabacak NI, Degertekin B, Cirak M, Dursun A, Engin D, Unal S, Unlu M. Could the simplified C-14 urea breath test be a new standard in noninvasive diagnosis of Helicobacter pylori infection? Annals Nuc Med 2008: 22(7); 611-616.

12

Noral MY, Dogruman-Al F, Engin ED, Kustimur S, Babur C, Poyraz A. The Comparison of Polymerase Chain Reaction Directed to the 529 bp Gene and the B1 Gene in the Detection of Experimental Mouse Toxoplasmosis. Turkiye Klinikleri J Med Sci 2009: 29(1); 48-56.

13

Urgancioglu B, Bilgihan K, Engin D, Cirak MY, Hondur A, Hasanreisoglu B. Topical N-acetylcysteine reduces interleukin-1-alpha in tear fluid after laser subepithelial keratectomy. Eur J Ophthalmol. 2009 Jul-Aug;19(4):554-9.

14

Altinova AE, Engin D, Akbay E, Akturk M, Toruner F, Ersoy R, Yetkin I, Arslan M. Association of polymorphisms in the IL-18 and IL-12 genes with susceptibility to Type 1 diabetes in Turkish patients. J. Endocrinol. Invest 2010 Aug;33(7):451-454.

15

Salihoglu U, Boynuegri D, Engin D, Duman AN, Gokalp P, Balos K. Bacterial adhesion and colonization differences between zirconium oxide and titanium alloys: an in vivo human study. Int J Oral Maxillofac Implants 2011 Feb;26(1):101-107.

16

Şadiye Berna AYKAN, Kayhan ÇAĞLAR, Evren Doruk ENGİN, Ayşe Bilge SİPAHİ, Nedim SULTAN, Meltem YALINAY ÇIRAK. Investigation of the Presence of Disinfectant Resistance Genes qacA/B in Nosocomial Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Isolates and Evaluation of Their In Vitro Disinfectant Susceptibilities. MİKROBİYOLOJİ BÜLTENİ Cilt: 47 Sayı: 1 Ocak 2013

17

Ayse Basak Engin, Evren Doruk Engin, Bensu Karahalil. 2012. Effect of N-acetyl cysteine, Neopterin and Dexamethasone on the Viability of Titanium dioxide Nanoparticles Exposed Cell Lines. Pteridines. 23: 111 – 122.

18

Iriz E, Cirak MY, Zor MH, Engin D, Oktar L, Unal Y. Differential identification of atypical pneumonia pathogens in aorta and internal mammary artery related to ankle brachial index and walking distance. J. Surg. Res. 2013 Feb 15;

19

Özdemir B, Uraz A, İşcan D, Bozkurt Ş, Tuncer BB, Engin D, et al. Influence of Cervitec gel on periodontal health of patients wearing fixed orthodontic appliances. Journal of Dental Sciences. 2013;(xx):1–7.

20

Karakan T, Kerem M, Cindoruk M, Engin D, Alper M, Akin O. PPAR-alpha agonist treatment increases trefoil factor family-3 expression and attenuates apoptosis in the liver tissue of bile duct-ligated rats. Turkish Journal of Gastroenterology. 2013;24(2):134–40.

21

Aykan ŞB, Çaglar K, Engin ED, Sipahi AB, Sultan N, Yalinay Ci̧rak M. Investigation of the presence of disinfectant resistance genes qocA/B in nosocomial methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates and evaluation of their in vitro disinfectant susceptibilities. Mikrobiyoloji Bulteni. 2013;47(1):1–10.



h - indeksi: 7


Diğer indeksler tarafından taranan dergilerde yapılan yayınlar

1

Us D, Engin D, Hascelik G. [Evaluation of western blo1t methods for serologic diagnosis of Helicobacter pylori infections] Mikrobiyol Bul. 2002 Apr;36(2):153-60.




Ulusal hakemli dergilerde tam metni basılmış yayınlar

1

Ustaçelebi Ş, Engin D. HIV infeksiyonu immünopatogenezi ve tanıda kullanılan yöntemler. Modern Tıp Seminerleri 2000;10:11-26

2

Engin D. Hydrogen gas enhances the in vitro growth of Helicobacter pylori. Gazi Medical Journal 2003;14(2):63-66.

3

Engin A, Engin D. İntraabdominal sepsiste reaktif oksijen radikallerine konakçı ve bakterinin yanıtı. Ankara Cerrahi Dergisi 2003;20:174-180

4

Doğan Ö, Çırak MY, Engin D, Türet S. Klinik örneklerden izole edilen stafilokoklarda metisilin direnci ve çeşitli antibiyotiklere in-vitro duyarlılıkları. ANKEM Derg. 2005;19(1):39-42




Tam metni basılmış kongre bildirileri

1

Engin D. Kurs kapsamında uygulanacak Helicobacter pylori tanı yöntemleri. Helicobacter pylori Sempozyumu, 9 – 11 Kasım 2005, Ankara.

2

Ozdemir, N.; Tuncel, A.; Duman, M.; Engin, D. & Denkbas, E. B. Vaseashta, A. & Milhailescu, I. (ed.) POLY(N-ISOPROPYLACRYLAMIDE) (PNIPAM) BASED NANOPARTICLES FOR IN VITRO PLASMID DNA DELIVERY FUNCTIONALIZED NANOSCALE MATERIALS, DEVICES AND SYSTEMS, SPRINGER, 2008, 325-330.

3

Engin D, Kocagöz T. Real Time Colorimetric Physiological Monitoring of Microbial Cells. 6th International Advanced Technologies Symposium (IATS’11), 16-18 May 2011, Elazığ, Turkey.




Özeti basılmış kongre bildirileri

1

Sancak B, Arıkan S, Özyavuz Ş, Engin D, Kocagöz T. Polimeraz Zincirleme Tepkimesi (PCR) ve heterodupleks analizi ile sistemik mikozların erken tanısı ve etkenin tiplendirilmesi. Birinci Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi, Nisan 2000, Kapadokya.

2

Kocagöz T, Engin D. Kendi kendine pasaj yapan kan kültür sistemi. Birinci Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi, Nisan 2000, Kapadokya.

3

Köybaşı S, Engin D, Egesel T, Akyön Y, Günalp A, Kaya S. Kronik larenjit etiyopatogenezinde Helicobacter pylori’nin rolü. Birinci Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi, Nisan 2000, Kapadokya.

4

Engin D, Ercis S, Özaslan E, Özen H, Güneş D, Hasçelik G, Demir H, Şimşek H. Antibiotic susceptibilities of Helicobacter pylori strains isolated in Turkey. 11th International Workshop of Campylobacter, Helicobacter and related organisms, September 2001, Freiburg, Germany.

5

Engin D, Ercis S, Özaslan E, Özen H, Güneş D, Hasçelik G, Demir H, Şimşek H. E – test yöntemi ile Helicobacter pylori (HP)’nin çeşitli antimikrobiyallere karşı duyarlılığının belirlenmesi. 18. Ulusal Gastroenteroloji Haftası, Ekim 2001, Antalya

6

Balaban Y, Özaslan E, Ercis S, Engin D, Şimşek H, Tatar G, Hasçelik G. Hacettepe Üniversitesi erişkin hasta grubunda gaitada Helicobacter antijen testinin Helicobacter kültürü ve üre – nefes testi ile karşılaştırılması. 18. Ulusal Gastroenteroloji Haftası, Ekim 2001, Antalya

7

Aksoy D, Aybar M, Özaslan E, Kav T, Engin D, Ercis S, Altinok G, Hasçelik G, Uzunalimoğlu B, Arslan S. Evaluation of the Helicobacter pylori stool antigen test (HPSA) for the detection of Helicobacter pylori infection and comparison with other methods. 11th World Congress of the International Association of Surgeons & Gastroenterologists, November 2001

8

Pınar A, Engin D, Anlar B, Anlar FY, Kocagöz T, Us D, Ustaçelebi Ş, Yalaz K. Subakut sklerozan panensefalit (SSPE) ile herpes grubu virusların ilişkisi. I. Ulusal CMV Simpozyumu, Kasım 2001, Antalya.

9

Yalçın E, Özçelik U, Engin D, Doğru D, Kiper N, Hasçelik G, Göçmen A. Does Helicobacter pylori cause bronchiectasis? Turkish Thoracic Society 5th Annual Congress, April 2002, Antalya.

10

Yalçın E, Özçelik U, Engin D, Doğru D, Kiper N, Hasçelik G, Göçmen A. Helicobacter pylori bronşiektazi nedeni olabilir mi? II. Ulusal Çocuk Solunum Yolu Hastalıkları ve Kistik Fibrozis Kongresi, Mayıs 2002, Ankara.

11

Engin D. A visual bioinformatics tool:VITAL. 2nd molecular and diagnostic microbiology congress, April 2002, Antalya

12

Engin D. Hydrogen gas is an essential growth factor for Helicobacter pylori. 2nd molecular and diagnostic microbiology congress, April 2002, Antalya

13

Engin D, Darka Ertunç Ö, Özçay F, Demir H, Saltık İ, Akyön Y, Koçak N. The cagA status of Helicobacter pylori isolates from dyspeptic children in Turkey. 2nd molecular and diagnostic microbiology congress, April 2002, Antalya

14

Us D, Engin D, Hasçelik G. Helicobacter pylori infeksiyonlarının serolojik tanısında western blot yönteminin değeri. XXX. Türk Mikrobiyoloji Kongresi, Eylül 2002, Antalya.

15

D. Engin, G. Hascelik. iceA genotypes may play a role in acquiring metronidazole resistance in Helicobacter pylori. European Helicobacter Study Group XVI International Workshop, 2003 Stockholm, Sweden.

16

D. Engin, G. Hascelik. Virulence marker genotyping of Turkish Helicobacter pylori strains and it's relation with gastric pathology. European Helicobacter Study Group XVI International Workshop, 2003 Stockholm, Sweden.

17

D. Engin, M. Yalinay Cirak, S Turet, S. Unal, S Dumlu. cagA, vacA and iceA genotypes of Helicobacter pylori strains form a group of Turkish patients. European Helicobacter Study Group XVI International Workshop, 2003 Stockholm, Sweden.

18

S. Uslu, M. Y. Cirak, D. Engin, A. Koybasioglu, G. Akyol, S. Turet. Is there a possible role of Helicobacter pylori in nasopharyngeal carcinoma. European Helicobacter Study Group XVI International Workshop, 2003 Stockholm, Sweden.

19

M. Y. Cirak, S. Unal, S. Turet, D. Engin, S. Dumlu, I. Dogan, T. Karakan, A. K. Berdiev. Detection of Helicobacter pylori resistance to clarithromycin by real time PCR assay in a group of Turkish patients. European Helicobacter Study Group XVI International Workshop, 2003 Stockholm, Sweden.

20

Ünaldı Ö, Güzel Ö, Engin D, Çırak MY, Şenol E, Türet S. Nötropenik hastalarda vankomisine orta duyarlı stafilokoklar. 19. ANKEM Kongresi, Haziran 2004, Antalya

21

Engin D, Çırak MY, Türet S, Ünal S, Dumlu Ş. Helicobacter pylori’de makrolid direncinden sorumlu 23S rDNA mutasyonlarının moleküler “beacon” ile saptanması. 3. Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi, Haziran 2004, Ankara.

22

Çırak MY, Engin D, Doğan Ö, Karakan T, Ünal Ş, Türet S, Dumlu Ş. Mide biyopsi örneklerinde Helicobacter pylori klaritromisin direncinin moleküler “beacon” ile saptanması. 3. Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi, Haziran 2004, Ankara.

23

Çırak MY, İriz E, Doğan Ö, Engin D, Zor H, Türet S. Koroner arter hastalarının aterosklerotik plaklarında ve mononükleer kan hücrelerinde Chlamydia pneumoniae DNA’sının nested PCR ile gösterilmesi. 3. Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi, Haziran 2004, Ankara.

24

Aydoğan S, Eren A, Kalkancı A, Engin D, Kuştimur S. Kandan mantar DNA’sı izolasyonu için önerilen hızlı bir ticari yöntemin değerlendirilmesi. 3. Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi, Haziran 2004, Ankara.

25

Cırak MY, Unal S, Engin D, Degertekin B, Karakan T, Dogan O, Turet S, Dumlu S. Determination of 23S rDNA mutations conferring clarithromycin resistance in Helicobacter pylori in Turkish patients. European Helicobacter Study Group XVII International Workshop, 2004, Vienna, Austria.

26

Engin D, Cirak MY, Turet S, Unal S, Dumlu S. A novel molecular beacon system to detect the 23S rDNA mutations associated with clarythromycin resistance in Helicobacter pylori. European Helicobacter Study Group XVII International Workshop, 2004, Vienna, Austria.

27

Cirak MY, Cindoruk M, Engin D, Unal S, Erkan G, Turet S, Dumlu S. Detection of Helicobacter species in liver biopsies from patients with various hepatic diseases. European Helicobacter Study Group XVII International Workshop, 2004, Vienna, Austria.

28

Çırak MY, Engin D, Ünal S, Türet S, Dumlu Ş. Türkiye’de izole edilen Helicobacter pylori suşlarında cagA 3’ polimorfizmiyle ilgili kesitsel çalışma. IV. Ulusal Sindirim Yolu ile Bulaşan İnfeksiyonlar Simpozyumu, 16 – 20 Mayıs 2005, Mersin

29

Engin AB, Engin D, Ergün MA, Yurtçu E, Çırak MY, Şahin G. Helicobacter pylori makrofajlardan neopterin sentezini indükler mi? IV. Ulusal Sindirim Yolu ile Bulaşan İnfeksiyonlar Simpozyumu, 16 – 20 Mayıs, Mersin

30

İlhan MN, Tunaoğlu FS, Tekin E, İlter N, Ekim N, Sultan N, Altun NŞ, Peker T, Günaydın B, Ergenekon E, Şimşek A, Yavuzer R, Ergün MA, Köktürk N, Engin D. Araştırma görevlisi uyum kursunun değerlendirilmesi. Program Değerlendirme Sempozyumu, 26 – 28 Mayıs 2005, İzmir.

31

Günaydın B, İlhan MN, İlter N, Tunaoğlu FS, Tekin E, Ekim N, Sultan N, Altun NŞ, Peker T, Ergenekon E, Şimşek A, Yavuzer R, Ergün MA, Köktürk N, Engin D. Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Sürekli Tıp Eğitimi Kurulu İkinci Araştırma Görevlisi Uyum Kursunun Değerlendirilmesi. XII Kış Sempozyumu – Anesteziyoloji ve Reanimasyon’da Eğitim, 23 – 26 Şubat 2006, Bursa.

32

Yazıhan N, Engin D, Kocaay F, Ataoğlu H. Fizyolojide matematiksel modelleme. 5. İstatistik Günleri Sempozyumu, 24 – 27 Mayıs 2006, Antalya.

33

Kocaay F, Yazıhan N, Engin D, Ataoğlu H. Enfeksiyöz hastalıklarda matematiksel modellerin kullanımı. 5. İstatistik Günleri Sempozyumu, 24 – 27 Mayıs 2006, Antalya.

34

Engin D, Yazıhan N, Kocaay F, Ataoğlu H. Sekans ve genom analizi. 5. İstatistik Günleri Sempozyumu, 24 – 27 Mayıs 2006, Antalya.

35

Kurukahveci O, Köksal H, Gülbahar Ö, Engin D, Kerem M, Yazıcıoğlu Ö, Taneri F. Karın içi yapışıklıkların önlenmesinde “infliximab”ın etkinliğinin araştırılması.Türk Cerrahi Derneği Ulusal Cerrahi Kongresi 2006, 24 – 28 Mayıs 2006, Antalya.

36

İriz E, Yalınay Çırak M, Engin D, Zor H, Erer D, Özdoğan M, Türet S, Yener A. Detection of Helicobacter pylori DNA in aortic and left internal mammary artery biopsies: Its relation to acute coronary ischemia. A Multidisciplinary Congress in Cardio-Thoracic Healthcare: 16th World Congress of the World Society of Cardio-Thoracic Surgeons, August 17 – 20, 2006 Ottawa, Canada.

37

İriz E, Yalınay Çırak M, Engin D, Zor H, Erer D, Özdoğan M, Türet S, Yener A. Aortic punch ve left internal mammarian arter biyopsilerinde Helicobacter pylori DNA'sının varlığının araştırılması ve akut koroner arter iskemisi ile ilişkisi. Türk Kalp Damar Cerrahisi Derneği 9. Ulusal Kongresi 1 – 5 Kasım 2006, Antalya.

38

Kaya A, Engin D, Yalınay Çırak M, Atasever M, Türet S. Ankara yöresinden soyutlanan mikobakteri izolatlarının hsp65 dizi analizi yöntemi ile tiplendirilmesi. 6. Ulusal Mikobakteri Sempozyumu, 23 – 25 Kasım 2006, Kızılcahamam, Ankara.,

39

Cirak MY, Engin D, Unal S, Dalgic B, Dumlu S, Turet S. Genotyping of Helicobacter pylori putative lipopolysaccharide synthesis protein locus as a candidate virulence marker. European Helicobacter Study Group XXth International Workshop, 2007 Istanbul, Turkey.

40

Unal S, Cirak MY, Dumlu S, Karakan T, Engin D, Turet S, Cindoruk M. Increased Helicobacter pylori clarithromycin resistance rates in patients with nonulcer dyspepsia. European Helicobacter Study Group XXth International Workshop, 2007 Istanbul, Turkey.

41

Cirak MY, Engin D, Unal S, Karakan T, Turet S, Dumlu S. Monitoring of Helicobacter pylori resistance to clarithromycin by real time PCR assay in gastric biopsy specimens over a 4-year period in Turkey. European Helicobacter Study Group XXth International Workshop, 2007 Istanbul, Turkey.

42

Cirak MY, Ozdek A, Engin D, Karakan T, Unal S, Turet S. Does gastroesophagial reflux give rise to Helicobacter pylori in sinonasal mucosa? European Helicobacter Study Group XXth International Workshop, 2007 Istanbul, Turkey.

43

Noral MY, Doğruman Al F, Engin ED, Kuştimur S, Babür C, Poyraz A. Deneysel Fare Toksoplazmozunda Kan ve Doku Örneklerinde Enfeksiyon Tanısının B1 ve 529 Bç (Af146527) Gen Bölgeleri Kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyon Yöntemi ile Saptanması. XV. Ulusal Parazitoloji Kongresi 18 - 23 Kasım 2007, Kayseri ve Ürgüp.

44

Karakan T, Cindoruk M, Kerem M, Salman B , Engin D, Alper M, Akin O, Unal S. Peroxisome proliferator-activated alpha agonist treatment increases trefoil factor family 3 expression and attenuates apoptosis in the liver tissue of bile duct ligated rats. J Hepatol 2008; 48: S173-S173.




Konferans, sempozyum, kongre, panel vb. görevler

1

Engin D. Kurs kapsamında uygulanacak Helicobacter pylori tanı yöntemleri. Helicobacter pylori Sempozyumu, 9 – 11 Kasım 2005, Ankara.

2

Engin D, Yazıhan N, Kocaay F, Ataoğlu H. Sekans ve genom analizi. 5. İstatistik Günleri Sempozyumu, 24 – 27 Mayıs 2006, Antalya.

3

Engin D. Biyoinformatik: Sekans ve genom analizi. IV. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji Kursu. İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezi, Malatya 3-7 Eylül 2007.

4

Çırak MY, Engin D. Bakterilerin tanımlanması ve Helicobacter pylori'de virülans ve makrolit direncinin saptanmasında moleküler yöntemler. IV. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji Kursu. İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezi, Malatya 3-7 Eylül 2007.

5

Açık L, İşcan M, Engin D, Uyar P. Türk Biyokimya Derneği Prokaryotik ve Ökaryotik Hücrelere Gen Aktarımı Çalıştayı, Anadolu Üniversitesi Biyoloji Bölümü, 27 Ekim 2010, Eskişehir

6

Engin D. Dizi analizinde yeni sistemler ve bunların tıp alanındaki uygulamaları (pyrosequencing). V. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji Kursu, 13 – 17 Eylül 2010, Ankara

7

Engin D. Dizi analizinde yeni sistemler ve bunların tıp alanındaki uygulamaları. VI. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji Kursu, 10 – 14 Ekim 2011, Ankara.

8

Özdağ H, Engin D, Bakkaloğlu Z. Dizi analizinde karşılaşılan sorunlar ve çözüm önerileri: Örnek problemlerüzerinde tartışma. VI. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji Kursu, 10 – 14 Ekim 2011, Ankara.

9

Engin D, Kocagoz T. Real Time Colorimetric Physiological Monitoring of Microbial Cells. In: International Advanced Technologies Symposium. Elazig, Turkey: 2011

10

Engin D. SLST: Prensip, avantaj ve dezavantajları, kullanım alanları. VII. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji Kursu, 15 – 19 Ekim 2012, Ankara.




Buluşlar

1

TR200402876: ENGIN EVREN DORUK (TR); TUERET SEVGI (TR); UENAL SELAHATTIN (TR); DUMLU GIYASEDDIN SUEKRUE (TR); CIRAK AYSE MELTEM YALINAY (TR). Helicobacter pylori DNA'sinin ve makrolid dirençli genotiplerin tava problar kullanilarak polimeraz zincirleme tepkimesi ile saptanmasi




Ödüller

1

Sancak B, Arıkan S, Özyavuz Ş, Engin D, Kocagöz T. Polimeraz Zincirleme Tepkimesi (PCR) ve heterodupleks analizi ile sistemik mikozların erken tanısı ve etkenin tiplendirilmesi. Birinci Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi, Poster Üçüncülük Ödülü, Nisan 2000, Kapadokya.

2

Kocagöz T, Engin D. Kendi kendine pasaj yapan kan kültür sistemi. Birinci Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi, Teşvik Ödülü, Nisan 2000, Kapadokya.

3

Çırak MY, Engin D, Doğan Ö, Karakan T, Ünal S, Türet S, Dumlu Ş. Mide biyopsi örneklerinde Helicobacter pylori klaritromisin direncinin moleküler "beacon" ile saptanması. 3. Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongesi, Poster İkincilik Ödülü, Haziran 2004, Ankara.

4

Çırak MY, Engin D, Ünal S, Türet S, Dumlu Ş. Türkiye’de izole edilen Helicobacter pylori suşlarında cagA 3’ polimorfizmiyle ilgili kesitsel çalışma. IV. Ulusal Sindirim Yolu ile Bulaşan Enfeksiyonlar Simpozyumu, 16 – 20 Mayıs Mersin.

5

İriz E, Yalınay Çırak M, Engin D, Zor H, Erer D, Özdoğan M, Türet S, Yener A. Aortic punch ve left internal mammarian arter biyopsilerinde Helicobacter pylori DNA'sının varlığının araştırılması ve akut koroner arter iskemisi ile ilişkisi. Türk Kalp Damar Cerrahisi Derneği 9. Ulusal Kongresi 1 – 5 Kasım 2006, Antalya.200






Düzenlenen bilimsel toplantılar

1

… Engin D… (toplam 18 kişi). Helicobacter pylori Sempozyumu. 9 – 11 Kasım 2005, Ankara.

2

Yamaç K, Açık L, Doğu G, Gürer İ, Şener B, Sultansoy S, Engin D. Bilim ve Teknoloji Stratejileri Çalıştayı, 31 Mayıs – 1 Haziran 2006, Ankara.

3

Akçelik M, Engin D, Ergül A, Aras S, Yıldırım B, Yener B, Altuner M. 9. Ankara Biyoteknoloji Günleri






Eğitim öğretim etkinlikleri

1

2005 – 2006 Akademik Yılı Tıp Bilişimi Dersleri

2

Araştırma Görevlileri Uyum Kursu 25 – 26 Mart 2005

3

2005 – 2006 Akademik Yılı KDT Dersi

4

2005 – 2006 Akademik Yılı KBL Dersi

5

Araştırma Görevlileri Uyum Kursu 16 Aralık 2005

6

2005 – 2006 Akademik Yılı Bahar Dönemi Hemşirelik Yüksek Okulu Mikrobiyoloji ve Parazitoloji Dersi

7

2006 – 2007 Akademik Yılı Tıp Bilişimi Dersleri

8

2006 – 2007 Akademik Yılı KBL Dersi

9

Araştırma Görevlileri Uyum Kursu 8 Aralık 2006

10

2006 – 2007 Akademik Yılı Bahar Dönemi Sağlık Bilişimi Yüksek Lisans Dersleri

11

Araştırma Görevlileri Uyum Kursu 20 Nisan 2007

12

2006 – 2007 Akademik Yılı Bahar Dönemi Hemşirelik Yüksek Okulu Mikrobiyoloji ve Parazitoloji Dersi



Biyoteknoloji Enstitüsünde Verilen Dersler

Dönem / Ders

Konu

2009 – 2010 Güz Dönemi


Temel Biyoteknolojiye Giriş (111 551)

Mikroorganizmalar ve Mikrobiyoloji


Mikroorganizma grupları, mikrobiyolojinin tarihçesi, önemi


Mikrobiyal biyoteknoloji



2009 – 2010 Bahar Dönemi


Biyoteknoloji Gelişmeler (111 509)

Biyoinfomatik



2010 – 2011 Güz Dönemi


Temel Biyoteknolojiye Giriş (111 551)

Mikroorganizmalar ve Mikrobiyoloji


Mikroorganizma grupları, mikrobiyolojinin tarihçesi, önemi


Mikrobiyal biyoteknoloji

2010 – 2011 Bahar Dönemi


İmmünoloji ve İmmünolojik Teknikler (111 552)

Doğal bağışıklık sistemi


Özgül kazanılmış bağışıklık


Antijen ile primer etkileşim


İmmün sistemin anatomisi


İmmünokimyasal teknikler


Lenfosit aktivasyonu


Hipersensitivite



Temel Biyoteknoloji Teknikleri (111 506)

Hibridoma Teknolojisi


İmmünokimyasal Yöntemler



Biyoteknolojik Gelişmeler (111 509)

“Quorum Sensing”



2011 – 2012 Güz Dönemi


Temel Biyoteknolojiye Giriş (111 551)

Mikroorganizmalar ve Mikrobiyoloji


Mikroorganizma grupları, mikrobiyolojinin tarihçesi, önemi


Mikrobiyal biyoteknoloji



2011 – 2012 Bahar Dönemi


Temel Biyoteknoloji Teknikleri (111 506)

Hibridoma Teknolojisi


İmmünokimyasal Yöntemler



Biyoteknolojik Gelişmeler (111 509)

Biyosensörler



2012 – 2013 Güz Dönemi


Temel Biyoteknolojiye Giriş (111 551)

Mikroorganizmalar ve Mikrobiyoloji


Mikroorganizma grupları, mikrobiyolojinin tarihçesi, önemi


Mikrobiyal biyoteknoloji




Sorumlusu olunan dersler

1

Biyonesneler ile algoritma ve yazılım geliştirme

Yüksek Lisans / Doktora

Bilgisayar programlama konusunda giriş düzeyinde bilgisi olan öğrencileri hedef alan ders; biyolojik araştırmalardan elde edilen verilerin bilişimsel biyoloji/biyoinformatik teknikleri kullanarak analiz edilmesini sağlayan algoritma ve yazılımlar geliştirilmesini konu almaktadır. Ders kapsamında, nesne tabanlı programlama paradigması ile geliştirilmiş belli başlı biyolojik yazılım geliştirme kütüphaneleri tanıtılmaktadır. Öğrencinin, biyoinformatik ve bilişimsel biyolojide hazır analiz paketlerini kullanarak gerçekleştirilmesi çok zor, zahmetli ya da imkansız olan analizleri gerçekleştirebilecek algoritmaları endüstri standardı haline gelmiş yazılım kütüphanelerini ve teknikleri kullanarak geliştirilmesine yönelik bilgi birikimine katkı sağlanması amaçlanmaktadır.

2

Maya ve Küf Mantarlarının Endüstriyel Biyoteknolojisi

Yüksek Lisans / Doktora

Ders; endüstriyel biyoteknolojinin önemli araçlarından olan maya ve küf mantarı hücrelerininin genetik ve metabolik özellikleri ile biyoteknolojik üretim süreçlerindeki kullanımlarını konu almaktadır. Bu amaçla, geleneksel biyoteknolojik üretim yöntemlerinin yanı sıra, günümüzde kullanılmaya başlanan sistem biyolojisi/biyoteknolojisi temelli yaklaşımlar temel alınarak geliştirilen süreçler tanıtılmaktadır. Primer ve sekonder metabolit üretimi, fermentasyon süreçleri, fungal endüstriyel enzim üretimi, rekombinant heterolog protein üretimi teorik olarak öğretilmektedir. Sistem biyolojisi yaklaşımı ile modern endüstriyel biyoteknolojik süreçlerin ve fabrika hücrelerin geliştirilmesine yönelik bilgi birikimlerine katkı sağlanması amaçlanmaktadır.